Los departamentos son las unidades básicas encargadas de la programación y el desarrollo de la enseñanza y del apoyo a la investigación, y agrupan al personal docente e investigador de una o más áreas de conocimiento.
La USC cuenta con 50 departamentos distribuidos en cinco grandes áreas de conocimiento: 10 en Ciencias de la Salud, 13 en Ciencias, 16 en Ciencias sociales y Jurídicas, 4 en Ingeniería y Arquitectura y 7 en Artes y Humanidades
Corresponde a los departamentos ocuparse de la programación, el desarrollo y el seguimiento de las enseñanzas asignadas de su respectiva área de conocimiento de acuerdo con los planes de estudio de los grados, programas de doctorado, másteres propios y cursos de especialización y de formación continua.