O centro iniciou as súas actividades no curso 1991-92 cos primeiros ciclos de Bioloxía, de Química e a titulación de Licenciado en Ciencia e Tecnoloxía dos Alimentos, de segundo ciclo.
No curso 1993-94 implantouse a titulación de Enxeñaría Técnica Industrial (especialidade en Química Industrial), desaparecendo os primeiros ciclos de Bioloxía e Química. Mais adiante, no curso 1999-2000, implantouse o segundo ciclo da Licenciatura en Química (especialidade en Química Agrícola).
No ano 2007 comezou a impartirse o Máster en Prevención de Riscos Laborais, que sufriría unha modificación no curso 2009-10, pasando a chamarse Máster en Prevención de Riscos Laborais e Saúde Medioambiental e que, na actualidade, se atopa en período de extinción.
Con motivo da adaptación ao Espazo Europeo de Educación Superior (EEES), a oferta académica do centro sufriu unha importante transformación, implantándose, no curso 2010-11, o Grao en Nutrición Humana e Dietética e o Grao en Enxeñaría de Procesos Químicos Industriais, ao tempo que se procedía á extinción das titulacións non adaptadas ao EEES.
No curso 2017-18 comezou a oferta académica do Máster en Innovación en Nutrición, Seguridade e Tecnoloxía Alimentarias, no 2019-20 a do Máster en Enxeñaría de Procesado de Alimentos e no curso 2020-21 a do Grao en Bioquímica e do Grao Aberto 5USC Enxeñarías, que constitúen, a oferta académica actual da Facultade de Ciencias.
Desde a súa creación tiveron lugar innumerables eventos de grande importancia para a Facultade, a USC e a cidade, entre os que cabe destacar a celebración de xornadas, congresos nacionais e internacionais, cursos de verán…